Además de significativos aportes en cirugía cardiovascular e intervencionista, Favaloro desarrolló con su equipo una importante labor docente. Más de cuatrocientos cincuenta profesionales, provenientes de toda Argentina y América Latina se formaron en su fundación, la mayor cantidad de residentes formados en un solo centro. Muchos de ellos encabezan hoy en día destacados servicios de cardiología en diferentes ciudades y paises.
Favaloro sostuvo siempre que todo universitario debe comprometerse con la sociedad de su tiempo, recalcando que quería ''ser recordado como docente más que como cirujano''. Por ello dedicó gran parte de sus esfuerzos a la enseñanza, tanto a nivel profesional como popular. Humanista infatigable, participó en programas educativos como la serie televisiva ''Los grandes temas médicos'' y dictó numerosas conferencias en Argentina y el exterior, sobre temas como medicina, educación y la sociedad contemporánea. En algunas alguna de ellas señalabaseñaló:
:''Los progresos de la medicina y de la bioingeniería podrán considerarse verdaderos logros para la humanidad cuando todas las personas tengan acceso a sus beneficios y dejen de ser un privilegio para las minorías. (…) Estoy convencido de que a esta sociedad consumista, cegada por el mercado, la sucederá otra que se caracterizará por el hecho trascendente de que no dejará de lado la justicia social y la solidaridad.'' (Congreso de Bioingeniería, Buenos Aires, 1999).