FUNBAPA se financia con aportes hechos por los gobiernos de las provincias patagónicas y depende del ingreso regular de los mismos para la eficiente realización de sus funciones. Para el año 2009, por ejemplo, el gobierno de la [[provincia de Río Negro]] se comprometió a aportar $ 2 millones, de los que se transfirieron $ 900.000 durante el año 2009 y el saldo recién en junio de 2010.[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=401946&tipo=2]
==Denuncias de corrupción==
Por expediente N° 24641 de la [[Fiscalía de Investigaciones Administrativas]} se investigan posibles hechos ilícitos en operaciones celebradas entre el [[SENASA]] y [[FUNBAPA]].[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=415247&tipo=2]