Para hacer realidad su lema ''tecnología de avanzada el servicio del humanismo médico'' regresa a Argentina en 1971 para usar sus saberes [[saber]]es en beneficio de sus compatriotas. Para ello funda en 1979 el Instituto de Cardiología y Cirugía Cardiovascular, financiándolo con una organización sin fines de lucro, la [http://www.fundacionfavaloro.org/ Fundación Favaloro], para poner sus servicios al alcance de todos los que los necesitaran, aunque no pudieran pagarlos. Luego de 17 años, tras una inversión de 55 millones de dólares, el Instituto realiza su primera cirugía, brindando a partir de ese momento servicios altamente especializados en cardiología, cirugía cardiovascular y trasplante cardíaco, pulmonar, cardiopulmonar, hepático, renal y de médula ósea, además de otras áreas.
En 1980 crea el Laboratorio de Investigación Básica, al que financió durante largo tiempo con dinero propio, hasta que se convirtió en parte del Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas. Este último fue la base para la fundación de la [[Universidad Favaloro]] en 1998. La misma contaba en 2009 con una Facultad de Ciencias Médicas donde se cursan estudios de Medicina (iniciada en 1993), Enfermería, Kinesiología y Fisiatría y Psicología (iniciada en 2000) y una Facultad de Ingeniería, Ciencias Exactas y Naturales, donde desde 1999 se cursan las carreras de Ingeniería Biomédica, Ingeniería en Física Médica, Ingeniería en Computación y Licenciatura en Ciencias Biológicas.