Los minerales que contienen los metales comercializables (calcopiritas), contienen gran cantidad de azufre. En los escombros remanentes de la concentración del mineral el azufre reacciona con el agua y el oxígeno del aire generando ácidos, en el proyecto original un producto extraído y comercializable que ahora se deja transformar en una bomba de tiempo ambiental de más de 700 millones de toneladas de material peligroso. Los drenajes de estos ácidos del dique de colas fueron estudiados por el ingeniero en minas Héctor Oscar Nieva en su tesis de maestría ''Variación de parámetros geoquímicos, río Vis Vis, Catamarca, Argentina. Causas y consecuencias'', presentada en una video conferencia ante el Instituto Nacional Politécnico de Lorraine, Escuela de Minas de Nancy (Francia).[] Según la Minera Alumbrera, sus conclusiones son erróneas.[http://www.alumbrera.com.ar/art-001-a.asp] La empresa afirma, en oposición a lo dicho por Nieva[http://www.po.org.ar/node/7121], que no usa [[cianuro]] en sus procesamientos,[http://www.alumbrera.com.ar/amb-Responsabilidad.asp] sin embargo, la asociación Movida Ambiental alega tener pruebas de que la empresa miente[http://boletinmovidaambiental.blogspot.com/2009/12/minera-alumbrera-miente-si-usan-cianuro.html]. Nieva también señala el origen de las filtraciones en una falla de diseño del dique de colas.[http://www.noalamina.org/mineria-argentina/mineria-catamarca/hombre-prueba-entrevista-hector-oscar-nieva-investigador] Denuncia de contaminación: http://us.arqa.com/index.php/esc/boletines/boletin-informatico-de-la-sam-junio-de-2005-ii.html. El ingeniero Elio Vélez señala que el dique de colas está ubicado sobre una falla geológica y que las filtraciones van a parar al embalse del Río Hondo, contaminando la turística región santiagueña de las Termas de ese nombre.[http://mundoecologia.portalmundos.com/s-del-estero-contaminacion-migra-de-la-alumbrera-a-las-termas-20-oct-2009/]
Vecinos de la región denunciaron desde el año 2004 contaminación a orillas del río Vis Vis, donde se ubica la laguna de colas de la empresa, cuya actividad produce derrames de ácidos y la infiltración de sustancias tóxicas. El Juzgado Federal de Catamarca ordenó al [[Servicio Geológico Minero Nacional]] (SEGEMAR) hacer un estudio del ecosistema en el Río Vis Vis y en el complejo [[Bajo ]] de la Alumbrera, así como en las localidades de Vis Vis, Amanao y Andalgalá. En el Informe Técnico Pericial, el SEGEMAR habría reconocido la existencia de uranio diseminado por causa de las explosiones de la mina, que cubren los valles cercanos, y a Andalgalá y Belén, entre otros pueblos,[http://www.nuevodiarioweb.com.ar/nota/145012/Locales/Estudio_confirma_que_Alumbrera_vierte_uranio.html] pero estos informes no están disponibles en el sitio Internet del ente estatal. Ésto habría sido confirmado por estudio hecho por la [[CNEA]] a través de la Fundación Balseiro.[http://edpac.org/docs/Publicacio_Informe_Argentina.pdf] La contaminación radiactiva del uranio se agrava con el proceso de acumulación y sus partículas estarían dispersas en el aire y en las aguas superficiales y subterráneas, provocando numerosos casos de cáncer. El estudio habría determinado también la presencia de torio, cesio, estroncio, plomo, arsénico, en alto grado, minerales que transporta el mineraloducto de la empresa. La contaminación provocada por estos componentes, continuará profundizándose a lo largo de los años por causa del proceso de acumulación. Un informe ordenado por el juez federal de Catamarca desestimó la contaminación en la cuenca del Vis Vis.[http://www.alumbrera.com.ar/art-013-a.asp]
El director de Minera Alumbrera, contador Julián Rooney, fue procesado por contaminación ambiental,[http://www.estoestucuman.com.ar/index.php/2008/06/02/minera-alumbrera-rechaza-un-fallo/] pero luego fue sobreseído. Entre agosto y septiembre de 2008 visitó Catamarca una misión de cinco representantes de la Cátedra UNESCO de Sostenibilidad de la Universidad Politécnica de Cataluña, Ingeniería Sin Fronteras (ISF), Espacio Social de Formación en la Arquitectura (ESFA), Setem Cataluña, Educación para la Acción Crítica (EdPAC) y el Grupo de Cooperación del Campus de Terrassa (GCCT), quienes recogieron personalmente las denuncias efectuadas por varias organizaciones sociales de la zona. [http://admin.isf.es/UserFiles/File/catalunya/ResumenInformeArgentina.pdf] En los periódicos se han hecho denuncias de vecinos por el paso de camiones chilenos con materiales peligrosos destinados a la mina, pero no se especificó la naturaleza de los mismos.[http://saltacontaminada.blogspot.com/2009/11/denuncia-por-ingreso-de-camiones.html] También se denunció contaminación en la cuenca del río Salí por la planta de Minera Alumbrera en Tucumán. Otros estudios señalan que ''La explotación minera de oro y cobre de Catamarca vierte a la cuenca en Tucumán, valores de 0,5mg/l de As (Inf. Dto. Estud. Espec. Dir. Prov. Agua - Tucumán, Expte. 2650/325-M97 en Fernández y Vargas Graña, op. cit.), lo que excede en 1000% los valores máximos aceptables. Resulta evidente que el As será nocivo para la salud humana y la biota de la Cuenca.'' (Cristina Butí y Fabiana Cancino, ''Ictiofauna de la cuenca endorreica del río Salí-Dulce, Argentina, Acta Zoologica Lilloana 49 (1-2), 9-33, 2005); dato tomado de R. I. Fernández y E. Vargas Graña, ''Aportes al conocimiento de la problemática ambiental en la provincia de Tucumán. Estudio preliminar. Eval. Impacto Ambiental'', Boletín Geoindustrial de la Universidad Nacional del Norte Santo Tomás de Aquino, IV (VI-VII): 88-101).