Con una licencia de 3 meses otorgada por el Secretario General de las Naciones Unidas, Dag Hammarskjöld, Prébisch se abocó a la elaboración de un análisis más completo y un conjunto de recomendaciones. Con la colaboración del Ministro de Comercio César Bunge y de jóvenes economistas de la CEPAL, como [http://es.wikipedia.org/wiki/Aldo_Ferrer Aldo Ferrer], el 25 de octubre presentó los primeros resultados a Lonardi. El por la prensa mal llamado Plan Prebisch —que era sólo un diagnóstico, no un plan de acción— comenzaba señalando que Argentina enfrentaba la peor crisis económica de su historia. Un informe de la embajada de EEUU en Buenos Aires, de fecha 27 de octube de 1957, señala que la calificación era una exageración proveniente del interés de Prébisch en desacreditar a Perón, por su antiguo enfrentamiento con él. Fue el primero de una serie de graves errores políticos cometidos por el creador de la CEPAL, que le alienaron el apoyo de políticos, economistas e intelectuales progresistas como Arturo Frondizi y Raúl Scalabrini Ortiz, dando pasto a la abundante prensa amarilla de la época. Los principales problemas señalados en el informe fueron la declinación y obsolescencia de equipamiento de las producciones agropecuaria y petrolera, la ineficiencia de la industria, las graves carencias en la infraestructura del transporte y la energía, el déficit de la balanza comercial, el crecimiento de la inflación y la falta de crédito para el reequipamiento tecnológico. Problemas todos reales, que ya habían sido señalados anteriormente por otros economistas independientes.
El empujoncito final para el desprestigio del todavía embrionario plan fue el apoyo brindado por la [[Sociedad Rural Argentina]], que fomentó acusaciones de alianza con la oligarquía terrateniente y ganadera. El único apoyo que obtuvo Prébisch fuera del gobierno de facto fue el de la prensa conservadora, caso del diario La Nación, y el del líder radical Ricardo Balbín. En noviembre de 1955 el nacionalista y ultracatólico Lonardi fue reemplazado por su jefe de Estado Mayor, el general [http://es.wikipedia.org/wiki/Pedro_Eugenio_Aramburu Pedro Eugenio Aramburu], quién revirtió las políticas conciliadoras de aquél (su lema había sido ''Ni vencedores, ni vencidos'') hacia el peronismo y las organizaciones sindicales, alienando así a la mayoría de los votantes. Aunque Prébisch renunció inicialmente a su cargo de asesor, Aramburu lo convenció de continuar brindándole su apoyo, refirmando la continuidad de las políticas económicas de Lonardi con las designaciones de Julio Alizón García como Ministro de Finanzas y del radical balbinista Eugenio Alberto Blanco como Ministro de Hacienda<sup>[http://es.wikipedia.org/wiki/Pedro_Eugenio_Aramburu#Gabinete]</sup>.
Las críticas contra Prébisch se exacerbaron y la prensa recordó su [[rol]] central en la gestación del [[Pacto Roca-Runciman]], unánimemente (salvo el oficialismo de la época) repudiado como el predominio de los intereses británicos sobre los nacionales. Al mismo tiempo, los gobiernos estadounidense y británico lo consideraban un izquierdista a quién había que vigilar y el gobierno chileno lo catalogaba como un servidor incondicional de los intereses argentinos. Prébisch, un autodeclarado tecnócrata, se granjeó también las antipatías de los periodistas argentinos al acusarlos públicamente —probablemente con razón, ya que actualmente sucede algo similar— de superficialidad y de no brindar noticias sino opiniones personales.