Las instalaciones del CAB fueron originalmente parte de las del regimiento contiguo. Su sistema de desagües cloacales, todavía integrado al del regimiento en 1995 y totalmente excedido en su capacidad por el crecimiento de sus instalaciones, volcó durante mucho tiempo los residuos crudos al lago Nahuel Huapi. Una posterior conexión al precario sistema cloacal implementado por la Cooperativa de Electricidad Bariloche (CEB) contribuyó en gran medida al saturamiento de la misma. El CAB, a pesar de solicitudes de la Municipalidad de Bariloche, no hace tratamiento de residuos cloacales, el que fue públicamente reclamado por organizaciones ambientalistas de la ciudad en octubre de 2012[http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=32050].
En el año 2003, durante la gerencia del doctor en Física Rolando Granada, el CAB comenzó a elaborar estudios de impacto ambiental de sus instalaciones. En su sitio Internet se encuentran los informes elaborados en ese año y en 2003 y 2004, aunque no los restantes. Según estos informes la institución no genera problemas perceptibles de contaminación radioactiva en el ejido de Bariloche.