El contenido gaseoso del silo bolsa se modifica naturalmente a lo largo del tiempo debido a que la oxidación del producto disminuye el contenido de oxígeno y aumenta la de anhidrido carbónico (CO&sub2;<sub>2</sub>) cuya mínima concentración deseable es del 15%. Esto limita la proliferación de insectos y de hongo, inevitablemente introducidos en el proceso de ensilado. En este proceso es crítico el grado de humedad del producto, que no debe exceder un valor determinado para cada tipo.
En algunos casos se reemplaza el aire por gases inertes apropiados para controlar o evitar procesos indeseados, como la proliferación de insectos y hongos y los de fermentación.