Su misión institucional es asegurar y mejorar la calidad de las carreras e instituciones del sistema universitario argentino por medio de la evaluación y acreditación de la calidad de la educación universitaria.
==Críticas a su modo y marco de funcionamiento==El historiador estudioso de las ciencias y tecnologías argentinas, Carlos E. Solivérez, señaló señala en 2010 que la evaluación que la CONEAU hace hacía de las instituciones universitarias es era ''extremadamente superficial'' (Juan Quintar y Carlos Gabetta (compiladores), ''Pensar la Nación[[: Conferencias del Bicentenario'', Edit. Capital Intelectual, Buenos Aires, 2010ISBN 9789876142298]], p. 88). En junio de 2010 el Consejo Directivo de la [http://www.fcen.uba.ar Facultad de Ciencias Exactas y Naturales] de la [[Universidad de Buenos Aires]], luego de un plebiscito, resolvió no presentar sus carreras para acreditación por la CONEAU. El cuestionamiento proviene de las condiciones y métodos que la Ley de Educación Superior establece para las evaluaciones.[http://www.pagina12.com.ar/diario/universidad/10-146963-2010-06-04.html]