El 17 de diciembre de 1991, en Burzaco, frente al ajuste y las privatizaciones del presidente Carlos Saúl Menem, un grupo de dirigentes se propone construir un sindicalismo autónomo de los partidos políticos, los gobiernos y los empresarios. En abril de 1992, en Rosario, se denuncia la política de la [[CGT]] y se impulsa una organización sindical que no excluya a ningún trabajador. El 1º de mayo de 1992, en Corrientes, se denuncia la concentración económica mundial, la corrupción nacional y el feudalismo provincial. El Congreso Fundacional de la CTA se hace en el Parque Sarmiento, se vota el estatuto que habilita la afiliación y el voto directo y se elige una conducción provisoria.
En 1993 impulsa la campaña del millón de firmas contra la [[jubilación ]] privada ideada por el Ministro de Economía Domingo Cavallo. Organiza el acompañamiento nacional a la marcha de jubilados de los miércoles. Impulsa la Marcha Federal que se hace el 6 de julio de 1994 desde todo el país a Plaza de Mayo en oposición a las políticas del gobierno menemista. En 1995 más de 150 mil trabajadores eligen, de modo directo, la primera conducción de la CTA. El 24 de marzo de 1996, a veinte años del golpe de estado, se llenan las plazas de todo el país, en especial la Plaza de Mayo. Como consecuencia de esta jornada se inicia en España el juicio contra el genocidio.
En 1996, en el Luna Park (ciudad de Buenos Aires), el Congreso Nacional de Delegados decide que la CTA se constituya en una nueva central de trabajadores. Al año siguiente, 1997, el presidente Menem otorga a la CTA la inscripción gremial. Luego del llamado a elecciones nacionales de autoridades, la CTA se transforma en la segunda central sindical del país. Ese mismo año participa en el apagón multisectorial que marcó el principio del fin para Menem.