Fue también investigador y publicó 32 trabajos en revistas y libros especializados.
Regresó en 1955 a Salta, donde se abocó a la erradicación del cretinismo bocioso que afectaba a un 41% de la población provincial, porcentaje que en algunas regiones —como —como el Valle de Lerma— Lerma— llegaba al 100%. Para combatirlo creó entre 1957 y 1958 el Instituto del Bocio, luego Instituto de Endocrinología, cuya dirección ejerció hasta su muerte. Un problema similar existía entonces en provincias como Catamarca, Chaco, Formosa, Jujuy, La Pampa, La Rioja, Mendoza, Misiones, Neuquén, San Juan, San Luís, Salta, Tucumán y Tierra del Fuego, en las que el índice de bocio oscilaba entre el 12% y el 50%.
En 1963 fue convocado por el presidente Arturo Illia para ocupar el cargo de Ministro de Salud Pública de la Nación. Oñativia llevó adelante la lucha definitiva para erradicar el cretinismo bocioso a través de la promulgación de la Ley Nacional N° 17259 de uso obligatorio de sal iodada para prevenir el bocio endémicos. Esta sal enriquecida en iodo se impuso asimismo para el ganado, vía importante para llegar a las personas a través de su carne. A través de su cargo impulsó una importante serie de iniciativas como la Reforma del Sistema Hospitalario Nacional, la creación de Hospitales de la Comunidad y del Servicio Nacional de Agua Potable para promover su provisión a comunidades rurales. La promulgación de su [http://infoleg.mecon.gov.ar/infolegInternet/anexos/20000-24999/20414/norma.htm Ley Nacional N° 16463] de Medicamentos, conocida como Ley Oñativia, dió a los medicamentos un carácter de ''bien social'' del que carecían hasta entonces.