No hay información suficiente sobre el tratamiento de los líquidos cloacales de origen domiciliario, hospitalario e industrial de las ciudades de Viedma y Carmen de Patagones que son volcados al río.
A la altura de Cipolletti hay un alto nivel de contaminación de las aguas. Según un informe del Departamento Provincial de Aguas (DPA) los valores de demanda biológica de oxígeno (DBO) —buenos —buenos indicadores de la cantidad de materia orgánica en descomposición— descomposición— superan ampliamente lo permitido por la legislación. Mediciones mensuales hechas durante el año2009 sobre los efluentes de la planta de tratamiento de líquidos cloacales que se vuelcan al río encontraron valores que a veces más que cuadruplicaban el máximo autorizado (50 miligramos de DBO por litro de agua).[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=395186&tipo=2]