Si hay problemas con las actividades de la mina, le cabe gran parte de la responsabiliad a [[YMAD]] de cuyo directorio forma parte la [[Universidad Nacional de Tucumán]].Luego de numerosos pedidos, recién el 1<sup>o</sup> de diciembre de 2009 hubo una sesión extraordinaria de su Consejo Superior, donde se expusieron los fundamentos de las denuncias de diferentes organizaciones sociales sobre los perjuicios que causa Minera Alumbrera.[http://www.argenpress.info/2009/11/argentina-tucuman-confirman-la.html] Luego de las exposiciones, representantes de varias organizaciones sociales pidieron la rescisión del vínculo de la universidad con Minera Alumbrera.[http://www.primerafuente.com.ar/nota.asp?id_seccion=2&seccion=&id_nota=54445]
En junio de 2010 se presentó en la justicia federal una denuncia contra el ex rector y director por la UNT en la UTE Yacimientos Mineros de Agua de Dionisio (YMAD), Mario Marigliano. La denuncia alude tanto a problemas de contaminación como a desvío de fondos de YMAD.[http://www.primerafuente.com.ar/index.php/noticia/contaminacion-de-minera-alumbrera-piden-que-se-investigue-al-ex-rector-marigliano]
Unas pocas universidades como un todo y varias unidades académicas de otras han rechazado los fondos que les corresponden por las actividades en Bajo La Alumbrera (por más detalles sobre su origen véase [[YMAD]]) en razón del deterioro que producen las actividades mineras a cielo abierto, en el medio ambiente y en la salud de los pobladores de una amplia región:[http://www.argenpress.info/2009/12/argentina-lujan-contra-los-fondos.html]