El 17 de diciembre de 1991, en Burzaco, frente al ajuste y las privatizaciones del presidente Carlos Saúl Menem, un grupo de dirigentes se propone construir un sindicalismo autónomo de los partidos políticos, los gobiernos y los empresarios. En abril de 1992, en Rosario, se denuncia la política de la [[CGT]] y se impulsa una organización sindical que no excluya a ningún trabajador. El 1º de mayo de 1992, en Corrientes, se denuncia la concentración económica mundial, la corrupción nacional y el feudalismo provincial. El Congreso Fundacional de la CTA se hace en el Parque Sarmiento, se vota el estatuto que habilita la afiliación y el voto directo y se elige una conducción provisoria.
En 1993 impulsa la campaña del millón de firmas contra la jubilación privada ideada por el Ministro de Economía Domingo Cavallo. Organiza el acompañamiento nacional a la marcha de jubilados de los miércoles. Impulsa la Marcha Federal que se hace el 6 de julio de 1994 desde todo el país a Plaza de Mayo en oposición a las políticas del gobierno menemista. En 1995 más de 150 mil trabajadores eligen, de modo directo, la primera conducción de la CTA. El 24 de marzo de 19761996, a veinte años del golpe de estado, se llenan las plazas de todo el país. Revienta , en especial la Plaza de Mayo. Como consecuencia de esta jornada se inicia en España el juicio contra el genocidio.
En 19761996, en el Luna Park (ciudad de Buenos Aires), el Congreso Nacional de Delegados decide que la CTA se constituya en una nueva central de trabajadores. Al años año siguiente, 1997, el presidente Menem otorga a la CTA la inscripción gremial. Luego del llamado a elecciones nacionales de autoridades, la CTA se transforma en la segunda central sindical del país. Ese mismo año participa en el apagón multisectorial que marcó el principio del fin para Menem.
En 1998 denuncia el genocidio y la ligazón entre la represión y el ajuste económico, así como la continuidad de la Doctrina de la Seguridad Nacional, la hiperinflación y la hiperdesocupación. Hace paros, movilizaciones y cortes de ruta contra la desocupación y la flexibilización laboral. En noviembre de 1998 se hace el Primer Encuentro Nacional por un Nuevo Pensamiento en la Argentina, con la temática ''Trabajo y Política'', con cientos de participantes.
En 1999 se hace en Mar del Plata el Segundo Congreso Nacional de Delegados, donde 8352 congresales ratifican la autonomía de la CTA, definen la consigna Trabajo para Todos y se comprometen a construir más fuerza propia para luchar contra el modelo económico neoliberal imperante. El 6 de julio se realiza la primera gran jornada nacional de protesta de la CTA en todo el país por ''Trabajo !Ya!''. El Segundo Encuentro Nacional por un Nuevo Pensamiento se hace bajo el lema ''Trabajo, Estado y Desigualdad'', con la visita de Luiz Inacio Lula Da Silva. El 20 de diciembre hace un paro nacional por la muerte de los compañeros Ojeda y Escobar.
El 24 de febrero del año 2000 hace una Marcha marcha al Congreso Nacional contra el proyecto de Reforma Laboral que obtuvo media sanción de la cámara baja. El 26 de abril hace una marcha al Senado y el 5 de mayo un Paro Nacional contra la Reforma Laboral. El 31 de mayo marcha contra las políticas del Fondo Monetario Internacional y el 9 de junio hace un Paro Nacional contra el ajuste impuesto por el Gobierno Nacional. Propone una asignación de $380 para los jefes de familia desocupados y una asignación familiar de $60 pesos por hijo para todos los trabajadores, para que no haya ningún hogar en la Argentina por debajo de la línea de pobreza (entonces $500 pesos). El jueves 28 de mayo lanza en todo el país la campaña para recolectar un millón de firmas para elevar el proyecto a la Cámara de Diputados el siguiente 9 de agosto. Exige, además, que se reglamente por ley el derecho de Consulta Popular, establecido en la reforma constitucional de 1994. El 23 de junio lleva a cabo el Congreso Nacional Ordinario y Extraordinario en la Federación de Box, con la participación de representantes de todo el país. Se vota allí la Junta Electoral para las siguientes elecciones directas, se reforma el Estatuto de la Central y se convoca a la Marcha Grande por el Trabajo. Esta marcha se realiza de Rosario al Congreso Nacional, desde el 26 de julio hasta el 9 de agosto, caminando por los pueblospara que no hubieran hogares argentinos debajo de la línea de pobreza. El miércoles 9 de agosto, una multitud recibió a la columna en un acto frente al Congreso de la Nación, donde se presentó la propuesta de Seguro de Empleo, Formación y Asignación por hijo. En el mes de septiembre se renuevan, por voto directo de los afiliados, las mesas nacional, provinciales y locales. Los trabajadores de La Matanza hacen un corte de ruta en Isidro Casanova, en Ruta 3 y Germán Abdala. Una asamblea de 5.000 trabajadores decide mantener el corte hasta obtener respuesta a los reclamos. Finalmente, tras varios días de aguante obtienen un acuerdo de los gobiernos provincial y nacional. A pesar del posterior incumplimiento del mismo por parte de las autoridades, el "Matanzazo " se constituyó en un ejemplo de organización, lucha unitaria e integración entre las organizaciones territoriales y los gremios. Se hace el Tercer encuentro Nacional con la temática ''Movimiento Social y Representación Política'', de cuyo cierre participa Olivio Dutra, gobernador del estado de Río Grande do Sul y se asume el compromiso de promover el Foro Social Mundial. El 23 y 24 de noviembre se hace un paro para pedirle al gobierno que escuche al pueblo, se reivindica al compañero Aníbal Verón, asesinado cuando reclamaba trabajo, se rechaza el plan de ajustey se pide un Seguro de Empleo y Formación y Asignación Universal por hijo. El 20 de diciembre, en Unione e Benevolenza, en conjunción con diversas organizaciones sociales y políticas y trabajadores militantes de todo el país se constituye la mesa coordinadora del Movimiento por la Consulta Popular para exigir un Seguro de Empleo y Formación para los jefes de familia desocupados y una asignación por hijo para todos los trabajadores.
Entre el 25 y el 30 de enero de 2001, mientras en Davos se reune el Foro Económico Mundial, miles de representantes de movimientos sociales de todo el mundo con la activa participación de la CTA, se reúnen en Porto Alegre en un Forum Foro Social Mundial bajo el lema ''Otro mundo es posible''.