En septiembre de 2012 el proyecto fue cuestionado por el Consejo Plurinacional Indígena, que reúne a organizaciones indígenas de once provincias argentinas, el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS), las Madres de Plaza de Mayo Línea Fundadora, la Asamblea Permanente de Derechos Humanos (APDH), el Servicio de Paz y Justicia (SERPAJ), la Asociación de Abogados de Derecho Indígena (AADI), el Equipo Nacional de Pastoral Aborigen (ENDEPA) y el Observatorio de Derechos Humanos de Pueblos Indígenas (ODHPI).[http://argentina.indymedia.org/news/2012/09/820490.php]
En el Parlamento de Pueblos Originarios que tuvo lugar en Ingeniero Juárez (pcia. de Formosa) durante los días 28 y 29 de septiembre de 2012, 57 comunidades wichí, pilagá y qom de Salta, Formosa y Chaco se pronunciaron en contra de la propuesta de reforma [http://www.argenpress.info/2012/10/argentina-formosa-parlamento-de-pueblos.html]. Lo mismo sucedió en la audiencia pública que tuvo lugar en la Legislatura de la Provincia de Salta el 9 de Noviembre de 2012, donde la Coordinadora de Organizaciones y Comunidades Kollas Autónomas de la Provincia de Salta (Qullamarka), expresó su rechazo al proyecto[http://www.argenpress.info/2012/11/modificacion-al-codigo-civil.html]. Las principales razones del rechazo son:
El Consejo Plurinacional Indígena declaró que el proyecto violaba los derechos indígenas y que:
Un comunicado de prensa del Qullmarka señalaba[http://odhpi.org/2012/11/comunicado-de-prensa-del-qullamarka/]:
:''En caso de omisión de la consulta previa la medida de carácter legislativo aprobada será nula y que los funcionares responsables de tal omisión son pasibles de sanciones administrativas y penales que les correspondan por la realización o autorización dolosa de un acto nulo.''[http://www.argenpress.info/2012/11/modificacion-al-codigo-civil.html]
En una entrevista hecha por la oficialista Coordinadora de Comunicación Audiovisual Argentina, el presidente del [[Instituto Nacional de Asuntos Indígenas]] (INAI), Daniel Fernández, expresó de modo contradictorio:
: ''El código señala como sujeto de derecho a las comunidades sin intermediarios, esto es bueno recalcarlo porque durante mucho tiempo por falta de presencia del estado debilidad organizativa de las comunidades se metieron iglesias, ongs, observatorios etc.; algunos con buena intención otros no tanto pero terminaron incidiendo en los títulos de propiedad de las comunidades a través de asociaciones que no son plenamente indígena, el código prevé que la comunidad es el sujeto de derechos y que ese sujeto de derecho es una persona privada, hay un pedido muy extendido de que sea reconocido en vez de privada como de derecho público, la postura del inai que nosotros estamos haciendo conocer a los legisladores, entendemos que la comunidad como personería privada en primera instancia está bien porque le garantiza autonomía pero debería reconocer el código civil y vamos a promover adecuaciones para que la personería de derecho público sea cuando se hable de pueblo, para las comunidades estamos de acuerdo como lo plantea la reforma.''[http://www.originarios.org.ar/index.php?pageid=13¬iciaid=19273]
En la audiencia hecha en la ciudad de Neuquén sobre el proyecto de reforma, el presidente del [[Instituto Nacional de Asuntos Indígenas]] (INAI), Daniel Fernández, fue abucheado y tuvo que abandonar la sala entre gritos de “mentiroso”[http://www.argenpress.info/2012/09/argentina-un-grito-mapuche-contra-el.html].