El IPROSS se rige por la Ley Provincial N° 2753. Está dirigido por una Junta de Administración conformada por 1 presidente y 5 vocales. Aunque 3 de los vocales supuestamente representan a todos los afiliados, en realidad son representantes de algunos gremios ya que no son elegidos directamente por los afiliados sino por un Consejo Asesor integrado exclusivamente por gremialistas estatales.
El 14 noviembre de 2011 el Tribunal de Cuentas de la provincia de Rìo Negro emitió la resolución Nº 34 donde informa irregularidades detectadas por auditoria y remitió sus actuaciones a la Fiscalía de Investigaciones Administrativas. El informe señala el desorden administrativo de la obra social, que ''desconoce el monto exacto'' de su deuda. El organismo de control detectó irregularidades en la ejecución del convenio de cápita de prótesis con CAPRESA, donde no se acreditaron 6 de las 27 cirugías informadas y se compraron nuevamente ''prótesis que ya estaban cubiertas por el convenio. Advirtió también la sospechosa concentración de compras de medicamentos en sólo 2 empresas, Farma KD (81,33 % del total) y Lafken (8,39 %), que ''serían de los mismos propietarios''.[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=754598&tipo=2]