En diciembre de 2009 el secretario de la Asociación de Empleados de Comercio, el ex legislador provincial Walter Cortés, denunció que no se le permitió ingresar a las instalaciones de INVAP para afiliar a sus empleados. Cortés señaló que el personal de INVAP no está afiliado a ningún gremio, que ''existe un comedor muy bueno pero sólo para los jerárquicos, mientras que el resto del personal sólo consume viandas'', que presentarán un pedido de amparo ''para saber cómo está la situación de seguridad e higiene'', que la empresa ''no deja que los empleados se sindicalicen y la gente tiene miedo con justa razón, porque cuida su trabajo'' y que ''en la práctica funcionan como una isla donde no corren las leyes laborales''.[http://www.rionegro.com.ar/diario/2009/12/29/1262051816188.php]
Según el delegado de ATE en el Centro Atómico, Armando Aligia, aunque dijo no tener precisiones sobre la situación actual en Invap,aseguró que hasta hace algunos años los trabajadores que ingresaban debían firmar el compromiso de no afiliarse a ningún sindicato. La única agrupación de empleados que funciona en la empresa es la Asociación de Tenedores de Bonos de Participación, constituida en 1985 y que, de acuerdo a su estatuto, es una mutual para brindar asistencia en salud, subsidios, préstamos y seguro de vejez.[http://www.rionegro.com.ar/diario/denuncian-que-en-invap-esta-vedada-la-actividad-sindical-1205483-53285-nota_cordillera.aspx]