Sus finalidades explícitas o implícitas fueron las siguientes:
# Obtener mejores precios para los productos agropecuarios que constituían el grueso de las exportaciones argentinas, en especial el trigo y las carnes.
# Garantizar el mantenimiento de la capacidad productiva agropecuaria primaria y secundaria, es decir, de la agricultura y , de la ganadería, y de la industria elaboradora de sus productos.
# Asegurar el abastecimiento interior de los productos de la canasta familiar a precios al alcance de los trabajadores de menores ingresos.
# Disponer de las divisas necesarias para el mantenimiento de la actividad industrial no agropecuaria, es decir, la adquisición de insumos y repuestos, así como la renovación de maquinarias.
# El mecanismo de subsidios funcionaba bien siempre y cuando las bajas de precios fueran compensadas con alzas posteriores, a fin de no agotar los recursos. Cuando las innovaciones tecnológicas de otros países hacían que sus productos desplazaran los nuestros del mercado el IAPI suspendía el régimen de subsidios, salvo cuando se tratara de productos esenciales de la canasta familiar como el pan, cuyo costo fue mantenido artificialmente bajo por mucho tiempo. La falta de fomento de mejoras de la eficiencia de la producción nacional se puso claramente en evidencia con las fábricas elaboradoras de aceite de lino, las que terminaron cerrando sus puertas por obsolescencia tecnológica.
El IAPI, con alrededor de 3.000 empleados repartidos en actividades muy diversas, tuvo los problemas organizativos y administrativos característicos de una enorme estructura burocrática muy politizada. Sus decisiones eran frecuentemente más políticas que técnicas y sus empleados eran designados por recomendación de personas influyentes más que por su idoneidad. Como resultado su eficiencia fue baja y su nivel de corrupción muy alto. Esto ocasionó grandes pérdidas casi imposibles de contabilizar, hecho que fue sistemáticamente denunciado por los opositores al gobierno peronista.