El 22 de abril del año 1955, como consecuencia del [[affaire Richter]], se firmó el convenio que lo creó como Instituto de Física de Bariloche. El Centro Atómico Bariloche encomendaba a sus investigadores las actividades docentes, proporcionaba alojamiento a los estudiantes y brindaba el uso de sus instalaciones y laboratorios, mientras la Universidad Nacional de Cuyo pagaba los sueldos docentes y emitía los títulos académicos. Su primer director fue el Dr. en Física José Antonio Balseiro, con cuyo nombre fue rebautizado después de su muerte en 1962.[http://www.ib.edu.ar/index.php/el-balseiro/historia-del-ib/antecedentes-del-instituto-balserio.html]
Las actividades académicas comenzaron el 1 de agosto de 1955 con 15 estudiantes y 8 docentes. Los primeros licenciados en Física egresaron el 20 de mayo de 1958 y el 26 de ese mismo mes y año se aprobó la primera tesis doctoral.