''Según el diagnóstico de los grandes jefes aliados (y alemanes) Bernal fue uno de los genios de la ciencia militar de este siglo. Durante la guerra, Bernal y su colega [http://en.wikipedia.org/wiki/Patrick_Blackett,_Baron_Blackett Blackett] hicieron [http://es.wikipedia.org/wiki/Investigaci%C3%B3n_operativa Investigación Operativa]. ''La Investigación Operativa ''—escribió Bernal— '' no sólo llevó a una mayor comprensión de los detalles de las operaciones bélicas, sino a una mayor claridad en la integración de distintos tipos de operaciones. A medida que la guerra se desarrollaba, las operaciones combinadas, ya sea por tierra y mar, por tierra y aire o por aire, mar y tierra, se convirtieron en la regla general más que en la excepción y el puente entre los enfoques de cada operación según las diferentes armas se efectuó a través de la investigación operativa. De esta forma surgieron principios que tenían una aplicación mucho más vasta que las meras operaciones militares. En principio equivale a decir que cualquier actividad humana y cualquier rama de esta actividad es un sujeto legítimo para el estudio científico y por lo tanto puede ser modificado según los resultados de ese estudio.
''Bernal era marxista. Fue infatigable propagandista del desarrollo planificado, racional, de la actividad científica, una necesidad ineludible para un futuro mundo que efectivamente tienda a la liberación del hombre. En 1939, el mismo año en que dejó sentadas las bases para la cristalografía de proteínas, Bernal publicó su gran obra sociológica: La Función Social de la Ciencia, que constituyó un verdadero terremoto intelectual. Bernal desnudó ante el mundo el carácter medieval de la estructuración de la actividad científica, la absurda anarquía aparente que en rigor obedecía a planes concretos que nada tenían que ver con el desarrollo racional de la humanidad —fue el primero en denunciar las monstruosidades ecológicas resultantes de la falta de planificación industrial y agraria—. Una de las proposiciones claves de La Función Social de la Ciencia es que los problemas materiales del mundo pueden ser resueltos por la ciencia, pero que los factores que impiden el desarrollo racional de las soluciones científicas son de orden extracientífico (políticos, sociales y psicológicos entre otros) y no técnicos en el sentido material. En un siglo en que todo es físicamente posible, sostenía Bernal, la política se convierte en el arte de encontrar razones para no hacerlo. La aplicación adecuada de la ciencia —concluía— para resolver los problemas humanos, requiere primero un sistema social adecuado.