A partir de 1961 La Trochita comenzó a decaer debido a las mejoras en las carreteras y el transporte automotor. Aunque el libro de Theroux ''The old patagonian express''le dio notoriedad internacional y condujo a que fuera rebautizada como El Viejo Expreso Patagónico', la línea no era rentable. Debido a la escasa importancia económica de las comunidades a las cuales prestaba servicio, los inversores privados no estaban interesados en hacer la inversión necesaria para mantenerla. En 1992, durante el proceso de cierre de ramales previo a las privatizaciones ferroviarias hechas por el presidente Menem, se decidió cerrarla. Debido a las protestas locales, los gobiernos provinciales de Chubut y Río Negro tomaron a su cargo, de modo no coordinado, los tramos dentro de sus territorios. En 1998 La Trochita fue declarada Monumento Histórico Nacional por [http://www.infoleg.gov.ar/infolegInternet/anexos/55000-59999/57084/norma.htm Decreto PEN N° 349/99].