Como las instalaciones originales de captación de agua del río Pichileufu habían sido destruidas por una creciente en 1994, el 29 de julio de 2009 la CNEA solicitó el uso de ''agua pública'' para ''consumo humano y refrigeración en el Complejo Tecnológico Pilcaniyeu''. La capacidad máxima de captación del nuevo sistema más que cuadruplica la original. El 28 de abril de 2010 un edicto del Departamento Provincial de Aguas (DPA) autorizó a la CNEA a derivar aproximadamente 1 millón de litros de agua por día del río Pichileufu para ''consumo humano y sanitarios'', sin mencionar los riesgos de contaminación que podrían sobrevenir, los que debieron haber sido objeto de un dictamen previo del [http://www.rionegro.gov.ar/empresas/codema/leyes/index.php Consejo de Ecología y Medio Ambiente] (CODEMA). Cuando se divulgó esta autorización los pobladores de la zona requirieron más [[información ]] sobre el uso que se daría a esa agua en una nota donde señalan que[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/nota.aspx?idart=367039&idcat=9546&tipo=2]
:''Éste es un río de costas contrastantes entre invierno y verano, aguas abajo se usa para riego, bebedero de animales, consumo humano, de familias y escuelas, también como espacio de recreación para gente de la zona o pescadores. Tememos que la reducción del caudal, que ya es poco en verano, nos afecte visiblemente a la zona de Pichileufu, Paso de los Molles, Melicó, Corralito.''