FUNBAPA tiene programas zoosanitarias y fitosanitarias orientados a evitar la entrada en la región patagónica de plagas y enfermedades que perjudiquen o afecten su producción agropecuaria. En diciembre de 2009 llevaba a cabo los siguientes programas:
* Sistema Cuarentenario Patagónico. Los productos de origen vegetal o animal de ingreso restringido o prohibido a la región son los capaces de albergar la mosca de los frutos o el virus de la fiebre aftosa.
* SubPrograma de Fiscalización de Centros de Tratamiento Cuarentenario.
* Programa Incan Trehua (Perros Protectores).
* Laboratorio Patagónico de Diagnóstico Agroalimentario.
* Programa de Certificación en Origen de Cebollas Frescas para Exportación.
===Sistema Cuarentenario Patagónico===
El siguiente enlace da los puestos de control habilitados en enero de 2011: http://www.funbapa.org.ar/mapa-barrera/mapa-barrera.htm.
La disminución de decomisos del 2010 respecto a las del 2009 puede atribuirse a la aplicación de la Resolución Nº 283/2009 del [[SENASA]], que flexibiliza el ingreso de productos de origen animal en pequeñas cantidades cuando son transportadas por su propietario-