Cuando Raúl Alfonsín ganó la presidencia de Argentina en octubre de 1983, la tasa anual de inflación rondaba el 400%, la deuda externa sumaba USD 46.000 millones y la actividad económica (los puestos de trabajo) venía disminuyendo un promedio del 4% anual desde 1980. Las tasas de interés de la deuda externa y los créditos internos eran muy altosaltas, los precios de las exportaciones argentinas (casi exclusivamente ''commodities'' de escaso valor agregado) eran muy bajos, había una acelerada fuga de capitales hacia plazas más seguras, el déficit fiscal era grande y el ingreso medio ''per cápita'' era inferior al de 1970. Una de las primeras acciones de Alfonsin fue pedir el asesoramiento de Prébisch en la elaboración de un plan económico de emergencia, compromiso que éste aceptó gustosamente.
Cuando Alfonsín asumió la presidencia en diciembre de ese año, Prébisch , que tenía entonces 82 años, fue designado (a su propio pedido) asesor presidencial ''ad honorem'', con rango de Secretario de Estado. Sus funciones incluían el trabajo con los ministros de Economía Bernardo Grinspun, de Finanzas Juan Sourrouille, de Relaciones Exteriores Dante Caputo y con el presidente del Banco Central Enrique García Vázquez (véase http://www.bcra.gov.ar/, Institucional/Organización/Autoridades). Se instaló en oficinas del Banco Central y 1l el 19 de enero de 1984 presentó a Alfonsín el documento ''Lineamientos de un Programaprograma'', donde caracterizó caracterizaba a la situación económica nacional como peor que la resultante de la Gran Depresión de 1929. La condición previa de la recuperación económica, planteaba, era la reducción rápida de la inflación, para lo que proponía una fuerte reducción del déficit fiscal. Como los salarios eran un porcentaje elevado del presupuesto nacional, el ajuste requería posponer los aumentos salariales en un proceso que Prébisch calificó de ''sacrificio con equidad''. El control de la inflación, que siempre afecta más a los sectores de menores ingresos, permitiría frenar la escalada de precios y la disminución del costo de los créditos bancarios. La propuesta de Prébisch dividió al gabinete económico, con García Vázquez a favor de las propuestas y Grinspun en contra, opinión esta última que prevaleció. La estrategia del presidente Alfonsín fue mitigar la pobreza con pequeños aumentos salariales y medidas de emergencia como el Plan Alimentario Nacional (PAN), a la vez que evitar confrontaciones extremas con la [[CGT]] y los militares mientras se fortalecía la todavía frágil democracia. Se desperdició así la oportunidad histórica de tomar medidas de fondo —las propuestas por Prébisch u otras— en el momento en que la popularidad del gobierno era más alta, medidas que después sería imposible implementar. Como era su costumbre, Prébisch expresó públicamente su desacuerdo, granjeándose la antipatía de todo el gabinete nacional. Las medidas tomadas resultaron insuficientes y la inflación siguió aumentando, llegando al 713% en diciembre de 1984. Con un breve respiro durante el [[Plan Austral]] de Sourrouille, culminó en la hiperinflación que forzó la entrega anticipada del poder por Alfonsín. [[Archivo:Prébisch con Alfonsín en 1984.jpg|300px|right|thumb|<small><center>'''Raúl Prébisch con el presidente Raúl Alfonsín, en 1984.'''</center></small>]]Tras su fracaso en orientar la política económica interna, Alfonsín puso a Prébisch a cargo de la renegociación de la deuda con el [[Fondo Monetario Internacional]] (FMI), donde Grinspun no había tenido éxito.Viajó a Washington como representante directo del presidente y usó sus amistades, influencia y prestigio para obtener un acuerdo preliminar que era extremadamente favorable para la época. Las negociaciones con el Tesoro de EEUU, México, Brasil, Colombia y Venezuela planteaban la reapertura de las líneas de crédito del FMI a Argentina y el alargamiento, mucho más allá de lo usual, de los plazos de pago de los USD 46.000 millones adeudados. Además, hecho extraordinario, el borrador de acuerdo incluía una cláusula de supeditación de los pagos a la previa cobertura de las necesidades de importación de productos esenciales por Argentina. Cuando los términos del acuerdo preliminar fueron anunciados conjuntamente por Alfonsín y Prébisch, se repitió el escándalo del Plan de 1955‑1956. El 16 de mayo de 1984 Prébisch concurrió con Grinspun a una reunión de comisiones del Senado Nacional para explicar la propuesta, reunión que duró 11 horas. Durante la misma el senador nacional por Catamarca, Vicente Saadi (que luego se haría famoso por la invocación de las "nubes" de Úbeda durante el debate con Caputo por la cuestión de límites con Chile), acusó a Prébisch de servir a los intereses del colonialismo y la explotación. La edición del 20 de mayo del [[diario Clarín]] lo acusó de ser un economista ortodoxo y la [[Universidad Nacional de Tucumán|Universidad de Tucumán]] retiró su ofrecimiento de otorgarle un doctorado ''honoris causa''. Cuando Sourrouille reemplazó a Grinspun como ministro de Economía, Prébisch también vio bloqueada su intervención en las negociaciones de la deuda externa. Su único éxito de este período —el final de su larga actuación, ya que murió en su casa de las afueras de Santiago de Chile poco después, el 19 de abril de 1986— fueron las negociaciones internacionales que culminaron con el [http://www.cadtm.org/El-Consenso-de-Cartagena Consenso de Cartagena]. Su trabajo codo a codo con Caputo permitió que los principales países latinoamericanos —Argentina, Brasil, México y Colombia— expresaran en mayo de 1984 su postura de que la deuda externa era un problema tan económico como político y que su resolución era un problema conjunto de los países deudores y acreedores. Cuando los restantes países latinoamericanos y del Caribe respaldaron esta postura, se sentaron las bases de la negociación colectiva que dio origen al [http://en.wikipedia.org/wiki/Baker_Plan_(debt_relief) Plan Baker] de octubre de 1985, intento de resolución de las mayores deudas nacionales del Tercer Mundo.