FUNBAPA tiene programas zoosanitarias y fitosanitarias orientados a evitar la entrada en la región patagónica de plagas y enfermedades que perjudiquen o afecten su producción agropecuaria. En diciembre de 2009 llevaba a cabo los siguientes programas:
* Sistema Cuarentenario Patagónico. Los productos de origen vegetal o animal de ingreso restringido o prohibido a la región son los capaces de albergar la mosca de los frutos o el virus de la fiebre aftosa.
* SubPrograma de Fiscalización de Centros de Tratamiento Cuarentenario.
* Programa Incan Trehua (Perros Protectores).
* Laboratorio Patagónico de Diagnóstico Agroalimentario.
* Programa de Certificación en Origen de Cebollas Frescas para Exportación.
===Sistema Cuarentenario Patagónico===
El siguiente enlace da los puestos de control habilitados en enero de 2011: http://www.funbapa.org.ar/mapa-barrera/mapa-barrera.htm.
La disminución de decomisos del 2010 respecto a las del 2009 puede atribuirse a la aplicación de la Resolución Nº 283/2009 del [[SENASA]], que flexibiliza el ingreso de productos de origen animal en pequeñas cantidades cuando son transportadas por su propietario-
==Financiación==
FUNBAPA se financia con aportes hechos por los gobiernos de las provincias patagónicas y depende del ingreso regular de los mismos para la eficiente realización de sus funciones. Para el año 2009, por ejemplo, el gobierno de la [[provincia de Río Negro]] se comprometió a aportar $ 2 millones, de los que se transfirieron $ 900.000 durante el año 2009 y el saldo recién en junio de 2010.[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=401946&tipo=2]
==Denuncias de corrupción==
Por expediente N° 24641 de la [[Fiscalía de Investigaciones Administrativas]} se investigan posibles hechos ilícitos en operaciones celebradas entre el [[SENASA]] y [[FUNBAPA]].[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=415247&tipo=2]