En 1980 crea el Laboratorio de Investigación Básica, al que financió durante largo tiempo con dinero propio, hasta que se convirtió en parte del Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas. Este último fue la base para la fundación de la [[Universidad Favaloro]] en 1998. La misma contaba en 2009 con una Facultad de Ciencias Médicas donde se cursan estudios de Medicina (iniciada en 1993), Enfermería, Kinesiología y Fisiatría y Psicología (iniciada en 2000) y una Facultad de Ingeniería, Ciencias Exactas y Naturales, donde desde 1999 se cursan las carreras de Ingeniería Biomédica, Ingeniería en Física Médica, Ingeniería en Computación y Licenciatura en Ciencias Biológicas.

Favaloro sostuvo siempre que todo universitario debe comprometerse con la sociedad de su tiempo, recalcando que quería ''ser recordado como docente más que como cirujano''. Por ello dedicó gran parte de sus esfuerzos a la enseñanza, tanto a nivel profesional como popular. Humanista infatigable, participó en programas educativos como la serie televisiva ''Los grandes temas médicos'' y dictó numerosas conferencias en Argentina y el exterior, sobre temas como medicina, educación y la sociedad contemporánea. En algunas de ellas señalaba:

:''Los progresos de la medicina y de la bioingeniería podrán considerarse verdaderos logros para la humanidad cuando todas las personas tengan acceso a sus beneficios y dejen de ser un privilegio para las minorías. (…) Estoy convencido de que a esta sociedad consumista, cegada por el mercado, la sucederá otra que se caracterizará por el hecho trascendente de que no dejará de lado la justicia social y la solidaridad.'' (Congreso de Bioingeniería, Buenos Aires, 1999).