Según una carta pública del director saliente en 2007 Lic. Juan Carlos Moreno, las instalaciones tienen ''filtraciones de agua de lluvia y de la red cloacal y de agua potable que amenazan día a día el patrimonio documental; plaga de ratas por incumplimiento del contrato de la empresa fumigadora y ausencia de un sistema racional de evacuación en caso de incendio''. En declaraciones posteriores agrega que ''Cuando llueve mucho, entra agua por todos los pisos y hace poco se inundó el sótano; el edificio está colapsado y en pésimo mantenimiento. Es un volcán que puede entrar en erupción.'' (transcripto por el suplemento bimestral ''El Tradicional'' de la revista ''El Federal'', Buenos Aires, septiembre de 2009, p. 9).
El 5 de septiembre de 2008, por Decreto Nacional N<sup>o</sup>º 1421 se destinó al AGN una partida de $21 millones para llevar a cabo el ''Proyecto de Catalogación, Inventario, Digitalización, Microfilmación y Conservación para la Guarda Física de la Documentación Histórica''.[http://www.bnm.me.gov.ar/giga1/normas/13441.pdf] Este proyecto debía comenzar a ejecutarse de inmediato y estar terminado en el año del bicentenario, 2010. Hasta el mes de septiembre de 2009 la tarea no había comenzado a pesar del altísimo riesgo de destrucción de todos tipo de archivos irreemplazables.
A diferencia de otros archivos nacionales, como los de España, el AGN no ha digitalizado más que una pequeña fracción de sus archivos hasta noviembree de 2009 y no había puesto ninguno de los digitalizados en el dominio público.