IIRSA está integrada por [[UNASUR]], los 12 países independientes de América del Sur: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Guyana, Paraguay, Perú, Surinam, Uruguay y Venezuela. Con el apoyo de tres organismos funciacieros multilaterales sudamericanos —el —el [[BID]], la [http://www.caf.com/ Corporación Andina de Fomento] (CAF) y el [http://www.fonplata.org/ Fondo Financiero para el Desarrollo de la Cuenca del Plata] (FONPLATA)— — funciona un Comité de Dirección Ejecutiva conformado por los ministros de infraestructura o planificación designados por cada país. Bajo la dirección de este comité trabajan grupos técnicos responsables de elaborar las acciones de integración según ejes y procesos sectoriales de integración.
Desde su fundación la Secretaría del Comité de Coordinación Técnica del IIRSA está a cargo del [http://www.iadb.org/intal/ Instituto para la Integración de América Latina y el Caribe] (INTAL), organismo del [[BID]]. La representación argentina en el organismo está a cargo del [[COFEPLAN]], en la práctica, del [[Ministerio de Planificación Federal, Inversión Pública y Servicios]], especialmente del Subsecretario de Planificación Territorial de la Inversión Pública.