La obra debía estar finalizada en 1987, pero hacia fines de 1994 su avance había sido de sólo el 70%. En ese momento, el gobierno de Carlos Saúl Menem trató de privatizar las centrales nucleares Atucha I y Embalse, aunque manteniendo el compromiso contractual de concluir con Atucha II. La oferta debió tomar forma mediante la privatización de la empresa Genuar (Generación Nuclear Argentina) que fue precedida por la disolución de ENACE y la paralización de Atucha II.[http://www.inversorenergetico.com/v1/index_newsletter.php?id=1042]
Paralizada durante un largo tiempo, tuvo un alto costo de mantenimiento que algunas fuentes estiman en [[USD]] 3.000 millones. A fines del 2006, durante la presidencia de Néstor Kirchner, se reanudaron las obras, que incluyen su rediseño para la actualización de las tecnologías a usar. Como ya sucedió con la Represa Binacional Yacyretá, Atucha II demandará casi tres décadas de construcción y un costo mucho mayor que el estimado inicialmente. Según informaciones de [[NA-SA]], el organismo estatal responsable, la obra será inaugurada en septiembre de 2011 y funcionará a pleno a partir de 2012. Según el diario Perfil, en 2005, cuando se analizó retomar la construcción de la central se estimaba un costo de USD 700 millones para terminarla. Según declaraciones de directivos de NA-SA el 31 de mayo de 2011, Día Nacional de la Energía Atomíca, el costo será de USD 2.200 millones. Como según la misma fuente ''Levantar una central nuclear desde cero tiene un costo que supera los USD 3.000 millones''. Es decir, teniendo en cuenta el costo de mantenimiento durante todos los años que la obra estuvo suspendida, el costo de terminar Atucha II será muy superior al de una central nueva, probablemente el doble.[http://www.inversorenergetico.com/v1/index_newsletter.php?id=1963]