[[Archivo:Cordón Caulle marzo 2012 Negroni.jpg|300px500px|right|thumb|<small><center>'''Estado eruptivo del Cordón Caulle en marzo de 2012.'''</center></small>]]
Los principales problemas que afectan el medio ambiente de Bariloche son los siguientes:
* Basura arrojada por turistas y residentes en los bosques y cuerpos de agua. El Municipio no hace campañas educativas y anualmente se acumulan toneladas de basura en las montañas y las playas del ejido, recogidas también anualmente por esforzados voluntarios con cooperación del [http://www.clubandino.org/ Club Andino Bariloche].[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/nota.aspx?idart=604080&idcat=9546&tipo=2]
* Tala de bosques. El provincial Servicio Forestal Andino carece de capacidad operativa.
* Vertedero Municipal. El vertedero de residuos colmó su capacidad alrededor del año 2000 y en marzo de 2011 todavía no se había formulado el método de su reemplazo ni se había organizado la separación domiciliaria para facilitar el reciclado de los residuos de ese origen.[http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=19642] Hay escasos controles sobre la generación de residuos tóxicos en instituciones como restoranes, estaciones de servicios e instalaciones tecnológicas del ejido. La [http://www.reciclarbariloche.com.ar/ Asociación de Recicladores Bariloche] hace separación de residuos reciclables en el propio vertedero, pero no hay métodos de disposición final segura de residuos peligrosos como pilas y materiales electrónicos. Hay frecuentes incendios, probablemente debido a la falta de recaudos para el venteo del metano generado por la descomposición de los residuos orgánicos.
* Cenizas volcánicas, que repetidamente impiden los vuelos a y desde Bariloche, con efectos no estudiados sobre la salud de la población.
La Secretaría de Planeamiento y Medio Ambiente del Departamento Ejecutivo de la Municipalidad de Bariloche (DE) elaboró y aprobó por Resolución N° 66/2011 —de modo apresurado, sin mediar siquiera consulta al Departamento Legislativo— un Ordenamiento Territorial de los bosques nativos. Espera obtener de este modo los fondos previstos por la [http://infoleg.mecon.gov.ar/infolegInternet/anexos/135000-139999/136125/norma.htm Ley Nacional N° 26331] de Protección Ambiental de los Bosques Nativos. El proyecto elaborado fue criticado, por la Dirección Provincial de Bosques, por organizaciones ambientalistas de la región y por concejales y legisladores opositores.[http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=18713][http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=18584][http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=18851][http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=19292]