Los principales problemas que afectan el medio ambiente de Bariloche son los siguientes:
* Basura arrojada por turistas y residentes en los bosques y cuerpos de agua. El Municipio no hace campañas educativas y anualmente se acumulan toneladas de basura en las montañas y las playas del ejido, recogidas también anualmente por esforzados voluntarios con cooperación del [http://www.clubandino.org/ Club Andino Bariloche].[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/nota.aspx?idart=604080&idcat=9546&tipo=2]
* Volcado de residuos cloacales al lago. La Cooperativa de Electricidad Bariloche mantiene una reducida red de colectores cloacales, con frecuentes problemas en la costa del lago, y una planta de tratamiento con capacidad insuficiente.[http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=32126]
* Excepciones a las ordenanzas municipales que ponen límite a la ocupación humana (Plan Director y su expresión en los códigos de Planeamiento y de Edificación).
* Contaminación del lago Nahuel Huapi por embarcaciones, actividades costeras y vertido de líquidos cloacales crudos. Los múltiples organismos responsables, Prefectura Naval, [[Parque Nacional Nahuel Huapi]], Cooperativa de Electricidad Bariloche, [[Departamento Provincial de Aguas]] y Municipalidad de Bariloche no coordinan sus acciones ni las toman en tiempo y forma.[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/print.aspx?idArt=433953&tipo=2] Se ha solicitado colaboración al [http://www.enohsa.gov.ar/ ENHOSA].[http://www.rionegro.com.ar/diario/rn/nota.aspx?idart=442320&idcat=9546&tipo=2] Se desconoce el efecto de las actividades tecnológicas de [[INVAP]]. El [[Centro Atómico Bariloche]] ha hecho estudios de impacto ambiental, pero subsisten dudas en la comunidad sobre el reactor nuclear RA-6[http://www.anbariloche.com.ar/noticia.php?nota=20028].