En el año 2009 el Tren Patagónico prestaba sólo 1 servicio semanal entre Bariloche y Viedma que partía los viernes y regresaba los domingos. El tiempo de viaje era de unas 18 horas, pero el tren tenía frecuentes desperfectos que lo mantenían varado a veces durante muchas horas.[http://www1.rionegro.com.ar/diario/2008/01/27/20081v27j54.php][http://www1.rionegro.com.ar/diario/2008/04/22/20084v22s16.php][http://www1.rionegro.com.ar/diario/2008/07/09/20087v09s25.php][http://www1.rionegro.com.ar/diario/2008/12/09/1228786557275.php][http://www1.rionegro.com.ar/diario/2009/03/22/1237688177165.php][http://www1.rionegro.com.ar/diario/2009/07/19/1247969886164.php] Aunque por lo antes dicho ha disminuido mucho el número de turistas que lo usa,[http://www1.rionegro.com.ar/diario/2008/07/12/20087v12s05.php] este tren sigue siendo uno de los principales medios de transporte para los habitantes de la Línea Sur de la provincia, y es común que su capacidad —alrededor de 460 pasajeros— esté colmada. En temporada turística es también muy usado por mochileros. En 2009 el precio de cada pasaje para el trayecto completo era de $50 pesos en segunda clase (clase turista) ascendiendo a $229 pesos en camarote. Los precios están subsidiados para los residentes en la provincia de Río Negro.
La empresa estatal que presta el magro servicio en el año 2010, Tren Patagónico S. A., tiene un altísimo número de empleados, 280, cuyas funciones resultan difíciles de comprender dado el escaso mantenimiento de la línea. El presupuesto de funcionamiento para el año 2010 era de $24,2 millones, $18,2 millones de los cuales eran aportes estatales (Resolución Nº 1621 del ministro de Hacienda Pablo Verani). De ellos los gastos en personal eran $14,3 millones (el 59%) mientras que los bienes de consumo para funcionamiento sumaban $5,3 millones (22%). Hacienda aprobó un anexo presentado por el directorio sobre Rentabilidad y Resultados donde se planteó un plan de emergencia de recuperación de material rodante ($2,2 millones para mantenimiento, maquinarias y equipos) cuyo objetivo fue ''la recuperación de la confiabilidad de los servicios de pasajeros y cargas''.[http://www1.rionegro.com.ar/diario/2010/01/12/1263261122110.php]