En el año 2009 el Tren Patagónico prestaba sólo 1 servicio semanal entre Bariloche y Viedma que parte partía los viernes y regresa regresaba los domingos. El tiempo de viaje es era de unas 18 horas, pero el tren tiene tenía frecuentes desperfectos que lo mantienen mantenían varado a veces durante muchas horas.[http://www.rionegro.com.ar/diario/2008/01/27/20081v27j54.php][http://www.rionegro.com.ar/diario/2008/04/22/20084v22s16.php][http://www.rionegro.com.ar/diario/2008/07/09/20087v09s25.php][http://www.rionegro.com.ar/diario/2008/12/09/1228786557275.php][http://www.rionegro.com.ar/diario/2009/03/22/1237688177165.php][http://www.rionegro.com.ar/diario/2009/07/19/1247969886164.php] Aunque por lo antes dicho ha disminuido mucho el número de turistas que lo usa,[http://www.rionegro.com.ar/diario/2008/07/12/20087v12s05.php] este tren sigue siendo uno de los principales medios de transporte para los habitantes de la Línea Sur de la provincia, y es común que su capacidad —alrededor de 460 pasajeros— esté colmada. En temporada turística es también muy usado por mochileros. En 2009 el precio de cada pasaje para el trayecto completo era de $50 pesos en segunda clase (clase turista) ascendiendo a $229 pesos en camarote. Los precios están subsidiados para los residentes en la provincia de Río Negro.
El tren transporta también piedra caliza entre Aguada Cecilio y la planta de Soda Solvay en San Antonio Oeste. Durante 2009, el gobierno rionegrino anunció la compra de locomotoras nuevas pero hasta el momento el presupuesto no refleja contempla esa decisión, inversión y tampoco se anunció una inversión externa.
La empresa estatal que presta el magro servicio en el año 2010, Tren Patagónico S. A., tiene un altísimo número de empleados, 280, cuyas funciones resultan difíciles de comprender dado el escaso mantenimiento de la línea. El presupuesto de funcionamiento para el año 2010 es era de $24,2 millones, $18,2 millones de los cuales son eran aportes estatales (Resolución Nº 1621 del ministro de Hacienda Pablo Verani). De ellos los gastos en personal son eran $14,3 millones (el 59%) mientras que los bienes de consumo para funcionamiento son sumaban $5,3 millones (22%). Hacienda aprobó un anexo presentado por el directorio sobre Rentabilidad y Resultados donde se plante planteó un plan de emergencia de recuperación de material rodante ($2,2 millones para mantenimiento, maquinarias y equipos) cuyo objetivo es fue ''la recuperación de la confiabilidad de los servicios de pasajeros y cargas''.[http://www.rionegro.com.ar/diario/2010/01/12/1263261122110.php]