El director de Minera Alumbrera, contador Julián Rooney, fue procesado por contaminación ambiental,[http://www.estoestucuman.com.ar/index.php/2008/06/02/minera-alumbrera-rechaza-un-fallo/] pero luego fue sobreseído. Entre agosto y septiembre de 2008 visitó Catamarca una misión de cinco representantes de la Cátedra UNESCO de Sostenibilidad de la Universidad Politécnica de Cataluña, Ingeniería Sin Fronteras (ISF), Espacio Social de Formación en la Arquitectura (ESFA), Setem Cataluña, Educación para la Acción Crítica (EdPAC) y el Grupo de Cooperación del Campus de Terrassa (GCCT), quienes recogieron personalmente las denuncias efectuadas por varias organizaciones sociales de la zona. [http://admin.isf.es/UserFiles/File/catalunya/ResumenInformeArgentina.pdf] En los periódicos se han hecho denuncias de vecinos por el paso de camiones chilenos con materiales peligrosos destinados a la mina, pero no se especificó la naturaleza de los mismos.[http://saltacontaminada.blogspot.com/2009/11/denuncia-por-ingreso-de-camiones.html] También se denunció contaminación en la cuenca del río Salí por la planta de Minera Alumbrera en Tucumán. Otros estudios señalan que ''La explotación minera de oro y cobre de Catamarca vierte a la cuenca en Tucumán, valores de 0,5mg/l de As (Inf. Dto. Estud. Espec. Dir. Prov. Agua - Tucumán, Expte. 2650/325-M97 en Fernández y Vargas Graña, op. cit.), lo que excede en 1000% los valores máximos aceptables. Resulta evidente que el As será nocivo para la salud humana y la biota de la Cuenca.'' (Cristina Butí y Fabiana Cancino, ''Ictiofauna de la cuenca endorreica del río Salí-Dulce, Argentina, Acta Zoologica Lilloana 49 (1-2), 9-33, 2005); dato tomado de R. I. Fernández y E. Vargas Graña, ''Aportes al conocimiento de la problemática ambiental en la provincia de Tucumán. Estudio preliminar. Eval. Impacto Ambiental'', Boletín Geoindustrial de la Universidad Nacional del Norte Santo Tomás de Aquino, IV (VI-VII): 88-101).
En mayo de 2010 el Defensor del Pueblo de la Nación informó, en una reunión de defensores del pueblo provinciales realizadas en Miramar ([[provincia de Córdoba]]) que ''los efluentes de la empresa minera la Alumbrera contienen metales pesados como [[arsénico en Argentina|arsénico]], hierro, cadmio, cromo, etc, que (hasta 1997) eran vertidos sin tratar en el canal pluvial DP-2 que desagua en el río Salí''. Señaló que si bien la empresa minera inauguró en 2001 una moderna planta de proceso de filtrado y un laboratorio de control de calidad de aguas, ''las altas concentraciones de estos metales pesados vertidos anteriormente persisten en el sistema''.[http://www.noalamina.org/mineria-argentina/mineria-santiago-del-estero/alta-concentracion-de-metales-de-alumbrera-en-cuenca-del-sali]. La contaminación fue verificada también por peritos de Gendarmería Nacional, pero la empresa continuó descargando sus flujos mediante canales clandestinos denunciados por vecinos del área[http://www.argenpress.info/2015/02/alperovich-y-el-acuerdo-civico-encubren.html].